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Es la Unidad Académica de la Facultad, en la cual se organiza la comunidad de profesores en torno a un área de conocimiento; es responsable del desarrollo, despliegue y evaluación de las políticas, planes actividades de investigación, creación, innovación, extensión y proyección social; en asocio y en forma transversal con institutos y centros. Igualmente, será la unidad de soporte y apoyo académico y administrativo que permitirá agrupar a la comunidad profesoral de la misma disciplina o disciplinas afines (Biología, Física, Matemáticas, Química) para generar sinergias correspondientes a las actividades de formación, investigación y de extensión para fortalecer la formación académica de pregrado y posgrado en el área de las Ciencias Matemáticas y Naturales.
La Facultad de Ciencias Matemáticas y Naturales tendrá las siguientes Escuelas:
- Biología y Ciencias de la Vida
- Física y Ciencias de la Naturaleza
- Matemáticas y Ciencias de la Computación
- Química y Procesos Industriales